A szabadságharc után, az MTA tagjaként, A walesi bárdok

A szabadságharc után nem tartoztatták le. 1850-től írhatott újra és publikálhatott újra kisebb elbeszéléseket.

1858-ban abban a megtiszteltetésben részesülhetett, hogy az MTA tagjává választották. Székét 1859-ben foglalta el hivatalosan is. Miután Szalay elhunyt, ő lett az MTA titkára, majd 1870-től főtitkár lett. A főtitkári teendők alól megromlott egészsége miatt több ízben is kérte felmentését. 1877-ben lemondott főtitkári hivataláról, de ezt az akadémia nem fogadta el, hanem egy évre szabadságra küldték. Miután ez letelt, megismételte lemondását, amit az akadémia szintén nem fogadott el, hanem megint egy évre szabadságolták. 1879-ben harmadszor is kérte a felmentését, és ezt már elfogadták.
A döntéshozóknak közben az is feltűnt, hogy főtitkári fizetését, melyet egyébként az alapszabályok életfogytig biztosítottak neki, már az eltelt két évben sem vette fel. Arany ki is jelentette, hogy végleges visszalépése után sem fogja azt elfogadni.
Ezért arra kérték, hogy legalább az akadémia palotájában levő főtitkári lakást használja a továbbiakban, és – hogy senkiben se merülhessen fel kétely – a nagygyűlés tiszteletbeli főtitkári címmel ruházta fel, és igazgatótaggá választotta őt.

Erzsébet királyné

1857-ben, Ferenc József és Erzsébet királyné magyarországi látogatása alkalmából a kormánypárti Budapesti Hírlap főszerkesztője – mások mellett – felkérte Arany Jánost egy üdvözlőbeszéd megírására. Az alkotást akadályozó tartós betegségre hivatkozva tért ki a felkérés elől. Ekkor keletkezett A walesi bárdok című szerzeménye is. Ebben az „óangol” balladában Eduárd angol király látogatásra indul újonnan leigázott tartományába, Walesbe. Mindenki számára nyilvánvaló volt, hogy Edward maga Ferenc József, a walesi bárdok pedig a magyar költők. 1863-ban az általa ugyanebben az évben indított Koszorú című lapban jelent meg először A walesi bárdok. A verset a cenzúra miatt nem sajátként, hanem mint egy óangol ballada fordításaként írta alá.